জিন্দা পীরের মাজার কমপ্লেক্স বা দরগাহ বাগেরহাটে খান জাহানের মাজারের আধা কিলোমিটারেরও কম দূরত্বে পশ্চিম দিকে অবস্থিত। জিন্দা পীরের আসল নাম আহমদ আলী বলে ধারণা করা হয়। ৩৩.২২ মিটার বর্গাকার একটি সীমানা প্রাচীর দিয়ে ঘেরা এই কমপ্লেক্সের উত্তর দিকে তিন খিলানবিশিষ্ট একটি প্রবেশদ্বার রয়েছে। এই কমপ্লেক্সের ভেতরে পীরের নিজের একটি একগম্বুজবিশিষ্ট মাজার, একটি একগম্বুজবিশিষ্ট মসজিদ এবং জিন্দা পীরের পরিবারের সদস্যদের বলে ধারণা করা হয় এমন বেশ কয়েকটি ইটের তৈরি কবর রয়েছে। স্থানীয়ভাবে প্রচলিত আছে যে, এই কমপ্লেক্সের উত্তর দিকে পীরের বাসভবন ছিল, যা বর্তমানে বিলুপ্ত।
মাজারটি ইটের তৈরি একটি বর্গাকার স্থাপনা, যার বাইরের দিকের প্রতিটি বাহুর দৈর্ঘ্য ১০.৯৭ মিটার এবং বর্তমানে এটি অত্যন্ত জরাজীর্ণ অবস্থায় রয়েছে। ভবনটির বাইরের কোণগুলোতে অষ্টভুজাকার বুরুজ ছিল, যার ভিত্তিমূলগুলো এখনও নিজ স্থানে টিকে আছে। এর উপরিভাগের কাঠামোটি সম্পূর্ণভাবে ভেঙে পড়েছে। উত্তর দিকের দেয়ালটি বর্তমানে প্রায় ২.৪৪ মিটার উচ্চতা পর্যন্ত সংরক্ষিত রয়েছে। অন্যদিকে একসময় ভেঙে পড়া বাকি তিনটি দেয়াল সম্প্রতি মেঝে থেকে প্রায় ০.৬১ মিটার উচ্চতা পর্যন্ত সংস্কার করা হয়েছে। দেয়ালগুলো মাত্র ১.৫২ মিটার চওড়া। ভবনের পূর্ব, দক্ষিণ ও পশ্চিম দেয়ালের প্রতিটিতে তিনটি করে প্রবেশপথ রয়েছে। অন্যদিকে উত্তর দেয়ালে একটি মাত্র খিলানযুক্ত প্রবেশপথ রয়েছে এবং এর দুই পাশে বড় ও গভীর খিলানযুক্ত কুলুঙ্গি রয়েছে। ভবনটি আদলতে ইটের তৈরি পিলস্টারের (চ্যাপ্টা স্তম্ভ) ওপর স্থাপিত একটিমাত্র গম্বুজ দিয়ে ঢাকা ছিল বলে নিশ্চিত হওয়া যায়। এই পিলস্টারগুলোর দুটি এখনও উত্তর দেয়ালের ভেতরের অংশে দৃশ্যমান।
বর্তমানে সিমেন্ট দিয়ে বাঁধানো মেঝের ঠিক মাঝখানে ইটের তৈরি একটি সমাধি বা কবর রয়েছে, যার নিচে জিন্দা পীর শায়িত আছেন। প্রায় ৪.৮৮ মিটার দৈর্ঘ্য এবং ৩.৬৬ মিটার প্রস্থের এই সমাধিটি তিন ধাপবিশিষ্ট বেদির ওপর স্থাপিত এবং এর উপরিভাগ নৌকার উল্টানো তলার মতো। এর গঠনশৈলী স্থানীয় খান জাহান ও পীর আলীর মাজারের সমাধির অনুরূপ। ভবনটি অত্যন্ত ধ্বংসপ্রাপ্ত হওয়ায় বর্তমানে এর অলঙ্করণের কেবল সামান্য কিছু চিহ্ন এখানে সেখানে টিকে আছে। উত্তর দেয়ালের বাইরের অংশে নির্দিষ্ট দূরত্বে দুটি আনুভূমিক ছাঁচকাটা বন্ধনী দেখা যায়। এর প্রতিটির ওপর সারিবদ্ধ অন্ধ চূড়ার নকশা রয়েছে, যা নিকটবর্তী ছয়গম্বুজ মসজিদ এবং যশোরের বারো বাজারের গোদার মসজিদের নকশার অনুরূপ।
এমন দাবি করা হয় যে জিন্দা পীর খান জাহানের আগেই এই এলাকায় এসেছিলেন। তবে তার মাজার ও মসজিদের টিকে থাকা স্থাপত্যশৈলী ভিন্ন কিছুর ইঙ্গিত দেয়। ভবনে দৃশ্যমান কোণের বুরুজগুলোর অষ্টভুজাকার আকৃতি, হালকা গড়ন এবং বাইরের দেয়ালের অলঙ্করণ দক্ষিণ বাংলার ইলিয়াস শাহী ও হোসেন শাহী আমলের স্থাপত্যগুলোতে অনেক পরে দেখা যেতে শুরু করে। তাই স্থাপত্যশৈলীর সাদৃশ্যের ভিত্তিতে বর্তমান মাজার ভবনটিকে পরবর্তী ইলিয়াস শাহী বা হোসেন শাহী আমলের বলে ধারণা করা যেতে পারে।
মাজারের উত্তর পশ্চিম দিকে একটি একগম্বুজবিশিষ্ট বর্গাকার মসজিদ অবস্থিত। ইটের তৈরি এই মসজিদটির অষ্টভুজাকার কোণের বুরুজগুলোসহ বাইরের দিকের প্রতিটি বাহুর দৈর্ঘ্য ৭.৬২ মিটার এবং ভেতরের দিকের প্রতিটি বাহুর দৈর্ঘ্য ৪.৮৮ মিটার। দেয়ালগুলোর পুরুত্ব প্রায় ১.৫২ মিটার। ভবনটির পূর্ব দিকে তিনটি খিলানযুক্ত প্রবেশপথ রয়েছে এবং উত্তর ও দক্ষিণ দিকে একটি করে প্রবেশপথ রয়েছে। পূর্ব দিকের মাঝখানের প্রবেশপথটি পাশেরগুলোর চেয়ে বড় এবং এর ঠিক বিপরীতে কিবলা দেয়ালে একটি মাত্র খিলানযুক্ত মিহরাব রয়েছে। এর বাইরের দিকে চিরাচরিত আয়তাকার অভিক্ষেপ বা প্রজেকশন দেখা যায়।
ইটের তৈরি একমাত্র গম্বুজটির ওপরের অংশটি হারিয়ে গেছে। গম্বুজটি ইটের তৈরি পিলস্টার থেকে ওঠা অর্ধ গম্বুজাকৃতির স্কুইঞ্চের ওপর ভর করে দাঁড়িয়ে আছে। প্রতিটি দেয়ালের ভেতরে দুটি করে পিলস্টার রয়েছে। ভবনের কার্নিশ বিলুপ্ত হয়ে গেছে এবং মসজিদের অলঙ্করণের খুব সামান্যই বর্তমানে টিকে আছে। অষ্টভুজাকার কোণের বুরুজগুলোতে নির্দিষ্ট দূরত্বে ছাঁচকাটা বন্ধনী রয়েছে। খাড়া অফসেট এবং কুলুঙ্গি মসজিদের বাইরের দেয়ালকে বৈচিত্র্যময় করে তুলেছে। উপরের গম্বুজটিকে ধরে রাখা আটটি ইটের পিলস্টার নির্দিষ্ট দূরত্বে উঁচু আলংকারিক বন্ধনী দ্বারা সজ্জিত।
মসজিদের একমাত্র মিহরাবটিতে পোড়ামাটির বা টেরাকোটার সাধারণ অলঙ্করণ দেখা যায়। মিহরাবের কুলুঙ্গিতে একটি সুন্দর খাঁজকাটা খিলান রয়েছে এবং এটি একটি আয়তাকার কাঠামোর ভেতরে বসানো। অর্ধবৃত্তাকার মিহরাবের কুলুঙ্গিতে খাঁজকাটা খিলানের মোটিফসমৃদ্ধ সারিবদ্ধ প্যানেল রয়েছে। মিহরাবের আয়তাকার কাঠামোটি পরস্পর সংযুক্ত নকশা দ্বারা পূর্ণ। কাঠামোর ওপরের অংশে অন্ধ পাপড়ির ফ্রিজ বা নকশা রয়েছে। স্থাপত্যশৈলীর দিক থেকে মসজিদটি পাশের মাজারের মতোই। তাই এটিকেও একই সময়ের, অর্থাৎ পরবর্তী ইলিয়াস শাহী বা হোসেন শাহী আমলের বলে বিবেচনা করা উচিত।